3 types de Macro-algues :

Algues brunes ou Phaeophycées,

Pigments : Chlorophylles a et c (couleur verte) et fucoxanthine (couleur brune)
Réserves nutritives : Laminarine (hydrate de carbone)
Ecologie : peu abondante sur les platiers et les pentes.

Les algues brunes sont apparues 200 millions d'années après les vertes. Leur pigment brun-jaune leur donne une coloration allant du jaune paille au marron foncé. Les plus connues sont les laminaires, appelés aussi goémons, ainsi que la wakamé et le haricot de mer.  Elles sont en général accrochées aux rochers par un « crampon ».Elles forment des 
communautés particulières sur les pentes externes entre 60 et 70 m de profondeur.
 

Algues rouges ou Rhodophycées, les plus riches et diversifiées

Pigments : Chlorophylles a et d (couleur verte) Phycoérithrine (couleur rouge),
Phycocyanine (couleur bleue).
Réserves nutritives : Rhodamylon ou amidon floridéen.
Ecologie : Elles vivent dans tous les types d’habitats y compris les zones profondes
et très peu éclairées. Les espèces calcaires participent à la construction des récifs.

Les algues rouges, ou Rhodophytes (Rhodophyta), sont un grand groupe d'algues pour la plupart marines et pour la plupart multicellulaires (et le plus souvent fixées sur les rochers, les coquillages ou d'autres algues).

Elles sont caractérisées par une composition pigmentaire avec un seul type de chlorophylle, la chlorophylle a, des caroténoïdes et des pigments caractéristiques, les phycobiliprotéines.

Algue verte ou Chlorophytes, très diversifiées

Réserves nutritives : Amidon.
Pigments : chlorophylles a et b (couleur verte), caroténoïdes (couleur jaune-orangée)Ecologie : Elles colonisent tous les types d’habitats, fonds sableux
ou coralliens, dans les petits fonds jusqu’à des profondeurs dépassant les 100 m. Les formes calcifiées comme les Halimeda participent à la formation des sables.

Les algues vertes désignent un ensemble d'algues dont les pigments photosynthétiques principaux sont les chlorophylles a et b. Comme leur nom l'indique, les algues vertes sont de couleur verte.

Elles regroupent des organismes variés dont les tailles peuvent aller de quelques microns à plus d'un mètre et dont les aspects peuvent être très divers. Certaines algues vertes, les Streptophyta, sont à l'origine des plantes terrestres. Cette hypothèse serait confirmée par la présence de chlorophylle a et b dans les 2 cas, ainsi qu'une ressemblance des différentes partie de la plante et de l'algue et des études phylogénétiques.

Les algues vertes ne forment pas un groupe évolutif complet et cohérent, elles sont représentées par différents taxons qui ne sont pas phylogénétiquement apparentés. L'origine et la date d'apparition des différents groupes d'algues vertes sont encore très discutées.

Certaines algues vertes sont défavorablement célèbres comme indicateurs des dérèglements de l'environnement causés par l'homme : ce sont par exemple les ulves impliquées dans l'extension des marées vertes ou la Caulerpa taxifolia, espèce tropicale qui envahit les fonds méditerranéens. Mais la plupart des espèces ne témoignent que de l'adaptation spécifique à certaines conditions naturelles, couvrant des types de milieux très diversifiés. Dans les eaux douces notamment, ce sont majoritairement des algues vertes qui sont présentes. Quelques espèces se sont également adaptées à la vie terrestre aérienne.

Tous les végétaux aquatiques de couleur verte ne sont cependant pas obligatoirement des algues vertes. Certaines espèces appartenant à d'autres groupes d'algues peuvent occasionnellement laisser transparaître une couleur verte dominante, mais surtout certaines plantes terrestres embryophytes sont retournées secondairement à l'eau.